1989 gab die ÖBB ein 300 Personen fassendes Motorschiff in Auftrag, das für Rundfahrten und schwächere Kurse vorgesehen ist.
Deshalb muss ein Motorboot ausgemustert werden. Die ÖBB entschied sich für das 33jährige MB Dornbirn.
Am 08.06.1990 wird das neue Schiff unter dem Namen MS Stadt Bregenz, den bis 1966 Österreichs größtes Dampfschiff getragen hatte, in Dienst gestellt. Das MS Stadt Bregenz erhält auch eines der Radkastenwappen der Namensvorgängerin.
1991 wurden am Schiff in Fußach kleinere Veränderungen, wie der Anbau von Brückennocks, vorgenommen.
In der Hauptsaison ist das MS Stadt Bregenz fast ausschließlich im Sonderfahrtenverkehr eingesetzt. Darunter fallen auch die alljährlichen Festspielfahrten.
Im Sommer 2000 rammt das MS Stadt Bregenz bei einem Anlegemanöver im Heimathafen mehrere Yachten und wird am Bug beschädigt.
Am 11.06.2010 fällt während einer Kursfahrt bei einem Anlegemanöver in Langenargen die Backbordmaschine aus. MS Stadt Bregenz prallt gegen die Mole und wird beschädigt. Durch den Aufprall und splitterndes Glas werden drei Menschen verletzt.