Nachdem der Schaffhausener Schiffspark nach dem Zweiten Weltkrieg nur noch fünf Schiffe betrug, von denen zwei Dampfschiffe noch aus der Zeit vor dem Ersten Weltkrieg stammten, beschloss die Schiffahrts AG 1956 zwei Neubauten in Dienst zu stellen. Dem MS Kreuzlingen 1956 folgte 1957 das Schwesterschiff MS Stein am Rhein, das den 87jährigen GD Hohenklingen ersetzte. Das MS Stein am Rhein, das acht Jahre das Flaggschiff der Schaffhausener Flotte darstellte, steht auch heute noch für Kurs- und Sonderfahrten im Dienst.
Das MS Stein am Rhein wurde im Jahr 2000 komplett überholt. Um weitere Kosten zu sparen musste das Schwesterschiff MS Kreuzlingen verkauft werden.