Ein Jahr nach dem Schwesterschiff St. Gallen II wurde das SD Rhein III von den Schweizerischen Bundesbahnen in Dienst gestellt und ersetzte das GD Bodan.
Das SD Rhein III fiel durch sein farbenfrohes Äußeres auf und wurde auf allen Schweizerischen Kursen eingesetzt und zog auch Trajektkähne.
Am 12. Januar 1908 kollidierte das SD Rhein III mit dem SD König Wilhelm in Rorschach, wobei die Küche im Backbord-Radkasten demoliert wurde.
1930 wurde das SD Rhein III, ähnlich den Deutschen Schiffen umgebaut und erhielt auf dem Vorschiff einen Salon, dazu einen Oberdecksaufbau und ein neues Steuerhaus mit breiter Brücke. Dieselben Umbauten wurden ein Jahr später auch beim Schwesterschiff SD St. Gallen II vorgenommen.
Am 12. August 1932 strandet das SD Rhein III bei Konstanz. Die 500 Fahrgäste müssen auf das SD Stadt Konstanz III umsteigen. Die Rhein III wird am nächsten Tag abgeschleppt.
Im Winter 1952/53 wurde das SD Rhein III ebenso wie das SD St. Gallen II von Kohlen- auf Ölfeuerung umgestellt, wobei die Besatzung um einen Mann verringert werden konnte.
Am 26. Oktober 1964 kam es zu einem Zusammenstoß mit dem Motortrajekt III.
1966 war das SD Rhein III das letzte Dampfschiff auf dem Obersee und wurde nur noch für Sonderfahrten eingesetzt.
Am 03.10.1966 wurde das SD Rhein III nach 60 Betriebsjahren ausgemustert und durch das neue MS St. Gallen ersetzt.
Vom 28.10. - 17.12.1966 wurde das SD Rhein III in Romanshorn abgebrochen. Die Schiffsmasten erhielten die Seeclubs in Arbon und Rorschach.