Die Stadt Schaffhausen war das erste Schweizerische Bodenseedampfschiff. Sie wurde sowohl auf dem Rhein und dem Untersee, als auch auf dem Obersee eingesetzt.
Als 1856 die Bahnstrecke Winterthur-Romanshorn fertig gestellt worden war, baute die Schweizerische Nordostbahn-Gesellschaft in Romanshorn den bis heute größten Bodenseehafen. Im gleichen Jahr fusionierten die beiden Gesellschaften und die Stadt Schaffhausen und drei weitere Glattdeckdampfer aus Schaffhausen kamen nach Romanshorn, von wo aus sie noch bis 1863 die Strecke nach Schaffhausen befuhren. Danach wurde die Konkurrenz durch die Bahnstrecke Waldshut-Konstanz zu groß.
Im Winter 1862/63 erhielt das Schiff eine neue Dampfmaschine, nachdem die ursprüngliche Maschine bereits 1861 ausgebaut worden war, und die Stadt Schaffhausen einige Zeit als Schleppkahn verwendet worden war.
Die Stadt Schaffhausen wurde 1892 außer Dienst gestellt und 1893 abgebrochen..
Im gleichen Jahr wurde das SD Säntis in Dienst gestellt.