Drei Jahre nachdem die Schweizerische Schiffahrts AG ihr letztes Dampfschiff das GD Schaffhausen ausgemustert hatte, erhielt 1970 ein Neubau dessen Namen.
Das neue Flaggschiff der Schaffhausener Flotte, ist in der Bauart ähnlich dem fünf Jahre älteren MS Thurgau, ist aber kein Schwesterschiff.
Am 20. Mai 1970 kollidierte das neue MS Schaffhausen mit der Schaffhausener Eisenbahnbrücke. Mehrere Personen wurden verletzt, und es entstand beträchtlicher Schaden.
Am 30. Mai 1987 banden unbekannte Täter das Schiff von seinem Liegeplatz in Schaffhausen los, so dass es gegen die Autobrücke getrieben wurde. Da sich das Schiff nicht quer stellte, entstand an Schiff und Brücke kein größerer Schaden.
Das bis heute größte Schiff der Schiffahrts AG fährt mit dem neuen MS Munot II, dem MS Thurgau und dem MS Arenenberg II aus dem Jahr 1983 die Kurse von Schaffhausen nach Konstanz und Kreuzlingen.
Am 17. August 2012 läuft MS Schaffhausen bei einer abendlichen Sonderfahrt auf der Rheinstrecke zwischen Hemishofen und Rheinklingen auf Grund. Das Schiff kann sich aus eigener Kraft befreien und die Fahrt nach Schaffhausen fortsetzen. Der entstandene Schaden am Bug ist minimal. Nach einem kurzen Aufenthalt in der URh-Werft nimmt MS Schaffhausen zwei Tage später seinen Dienst wieder auf. -> Bericht
Im Winter 2012/2013 wird MS Schaffhausen in der URh-Werft in Langwiesen generalüberholt. Neben einer Sanierung des Schiffsrumpfes und der Decksbeplankung, werden die Innenräume neu gestaltet.
Im Winter 2017/2018 erhält MS Schaffhausen in der Werft in Langwiesen zwei neue, leistungsstärkere Dieselmotoren. Bei diesem Werftaufenthalt wird auch die Bordelektronik erneuert.